W strukturze aparatu skarbowego mieści się kontrola skarbowa. Aparat kontroli skarbowej, podobnie jak aparat poboru podatków, składa się z kilku związanych ze sobą organów administracyjnych. Urzędy kontroli skarbowej wykonują właściwe czynności kontrolne. Mieszczą się na terenie każdego województwa w Polsce. Dowodzą nimi dyrektorzy wskazanych urzędów kontroli skarbowej. Mają oni za zadanie kontrolować funkcjonowania urzędu, ustalać rozkład planowy kontroli i upoważniać inspektorów do przeprowadzenia kontroli. Nie mają jednak prawa do ingerencji w toku czynności kontrolnych. Dyrektor urzędu jest mianowany, poprzez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, przez Ministra Finansów. Może on być tym samym inspektorem kontroli skarbowej. Inspektorzy skarbowi są samodzielnymi i niezależnymi instytucjami kontroli skarbowej. Do ich szablonowych obowiązków należy wszczynanie kontroli na podstawie upoważnienia wydanego przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej oraz pisemnego powiadomienia.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jest instytucją wyższego stopnia w stosunku do do inspektorów. Jego zadaniem jest wyznaczanie zadania kontroli skarbowej i porządkowanie systemu informacyjnego. Siedziba jego urzędowania zlokalizowana jest w Ministerstwie Finansów. Pod niego podlegają każde mniejsze organy kontrolne.