Struktura aparatu skarbowego opiera się na aparacie poboru podatków. Ten natomiast składa się z dwóch organów administracyjnych: urzędy skarbowe oraz izby skarbowe. Najmniejszymi organami rządowej administracji specjalnej o zasięgu regionalnym są urzędy skarbowe kontrolowane przez izby skarbowe. Elementy organizacyjne mogą mieć formę działu, referatu lub miejsca pracy. Na ich czele stoi naczelnik urzędu skarbowego.
Organami wyższego stopnia w zakresie wojewódzkim są izby skarbowe. Na ich czele stoi dyrektor. Ponadto do szablonowych obowiązków izb należy: nadzór nad urzędami skarbowymi oraz orzecznictwo w drugiej instancji w sprawach podatkowych zapłat budżetowych, kar podatkowych, oraz egzekucja opłat pieniężnych i kar. Izby skarbowe są również zobowiązane do sprawowania czynności związanych z egzekwowaniem kontroli podatkowej, dewizowej i finansowej oraz weryfikacja rocznych sprawozdań finansowych przedsiębiorstw państwowych i pozostałych państwowych jednostek organizacyjnych. Uzgadniają też własności dyplomowanych biegłych księgowych w działalnościach gospodarczych i zakładach objętych tą kontrolą.